金融危机到来，并没影响深港创新圈的资助计划逐年增加。港方消息人士称，如有需要，资助计划可从今年的3,500万再提高30－50％。据称，督导会深港双方主席都非常支持逐步加大资助金额，并不会因为一时的金融海啸而减少。 

“深港创新圈”自去年5月签署协议以来，两地共颁布了15项科技合作政策，推进了25个具体合作项目，确定了50个专项资助项目。资金投入上，去年资助了3000万，今年增加至3,500万。据深圳市科信局有关负责人介绍，今年的3,500万资助将重点用于5大领域9个专项，包括电池、电动汽车、节能环保(太阳能)、RFID、食品安全等。 

有关人士透露，“如果有好项目需要申请资助，根据实际需求，资助总金额提高到5,000万或6,000万也不是没有可能。”据悉，这与深圳今年被列为全国第一个创建国家创新型城市试点有一定关系。国家发改委发文指出，“深港创新圈”作为推动深港两地全面合作，互利共赢，打造粤港合作先行区的新载体，要为建设创新型国家作先行探索发挥更加积极的作用。